1)... ставят ли на казахских таможнях отметки о переходе границы?

В соответствии с Соглашением между Правительством Российской Федерации и Правительством Республики Казахстан о международном автомобильном сообщении перевозки грузов между Россией и Казахстаном и транзитом по их территориям осуществляются на безразрешительной основе. Перевозки грузов в/из третьих стран осуществляются при наличии специальных разрешений.
В связи с вышеуказанным российскому автоперевозчику нет необходимости приобретать разрешение на проезд транзитом через территорию Республики Казахстан.
Для иностранных перевозчиков государств, с которыми действует разрешительная система, при отсутствии разрешения на перевозку в международном сообщении транзитом по территории Республики Казахстан, такие разрешения выдаются после уплаты суммы сбора за проезд автотранспортных средств по территории Республики Казахстан. Ставки сбора устанавливаются исходя из размера месячного расчетного показателя, установленного на соответствующий финансовый год законом о республиканском бюджете. В текущем году она составляет примерно 107 долларов США.
При отсутствии специального разрешения на перевозку грузов в/из третьих стран, иностранное грузовое транспортное средство на территорию Республики Казахстан не допускается, и приобрести такие разрешения за плату не возможно.

2) Какой ПЛ используют при международных перевозках грузов? И можно ли использовать ПЛ формы 4С?

Путевой лист грузового автомобиля является основным документом первичного учета, определяющим совместно с товарно-транспортной накладной при перевозке товарных грузов показатели для учета работы подвижного состава и водителя, а также для начисления заработной платы водителю и осуществления расчетов за перевозки грузов.